超声波清洗器辅助提取主要是依据物质中有效成分的存在状态，合理利用超声波振动方法进行提取，可使溶剂快速低进入固体物质中，将其中所含的有机成分最大程度地溶于溶剂之中，得到多成分混合提取液。
1、超声波清洗器提取糖类成分的应用
糖分一般存在于植物细胞液中，而植物中的纤维、细胞粘液等对糖分的溶出一个很大的阻碍。超声波清洗器可以应用于各种糖类有效成分的提取，并且超声波不会影响水溶性多糖的生物性。
2、超声波清洗器提取酮类成分的应用
利用超声波产生的空化效应，能使溶剂充分、快速渗透提取物内部，且超声波清洗器具有加热功能，有利于苷元的浸出，可大幅度地提高有效成分的提取率，极大地缩短提取时间，节省溶剂。
3、超声波清洗器提取苷类成分的应用
苷类提取常用有机溶剂加热回流、水浸提取等方法，但这些方法耗时、高温的缺点易使苷类的成分破坏。超声波清洗器提取具有高效、快速的优点，可以避免苷元结构遭破坏。利用超声波提取还可应用于重楼总皂苷、三七总皂苷等的研究。
4、超声波清洗器提取碱类成分的应用
利用超声波清洗器辅助提取生物碱，可以缩短提取时间及有效提高生物碱含量，但因为植物类中生物碱的成分各有不同，所以应用超声波提取技术工艺各有不同。由于超声波清洗器提取能力优异可靠，目前广泛应用于中药生物碱有效成分的提取。
超声波清洗器在提取有着广泛的应用，除了能用于提取上述四种有效成分之外，还可以应用于多酚类、蒽醌类、挥发油、有机酸类、帖类等有效成分的提取，均能取得很好的提取效果。